В 2015 году, в разрушенном мире Токио-3, последствия Второго удара все еще ощущаются. 15 лет назад этот катастрофический инцидент стал причиной глобальных изменений: Антарктида растаяла, и миллиарды людей погибли. Теперь Земля находится под угрозой новых атак — загадочные существа, известные как Ангелы, стремятся уничтожить остатки человечества. Единственным средством борьбы с ними стали гигантские боевые машины, созданные с использованием передовых биотехнологий — Евангелионы.
14-летний Синдзи Икари, главный герой, оказывается втянутым в эту войну, когда он направляется на встречу с отцом, который возглавляет организацию NERV. Внезапно Токио-3 подвергается нападению Ангела, и юноша, несмотря на свои страхи и ненависть к отцу, вынужден принимать участие в борьбе. Вместе с капитаном Мисато Кацураги он добирается до подземной штаб-квартиры NERV, где вскоре становится ясно, что у него нет выбора — он должен сесть в Евангелион и сразиться с Ангелом. Это решение станет началом его личной борьбы, в которой ему предстоит не только сражаться с врагами, но и столкнуться с собственными внутренними демонами.