В последние дни Второй мировой войны над Японией раздаются гремящие взрывы американской авиации, и под их натиском беззащитные города погружаются в хаос. В этом аду 14-летний Сэйта и его младшая сестра Сэцуко остаются одни, лишившись родителей и всего, что было им дорого. Внезапно Сэйта оказывается вынужденным взять на себя ответственность за жизнь своей маленькой сестрички, и он стремится защитить её от ужасов войны.
Скрываясь в заброшенном убежище, они пытаются выжить, полагаясь только на свои силы и веру в лучшее. В их детских глазах смертоносные огни в небе превращаются в мирные огоньки светлячков, символизируя надежду и невинность. Однако жестокая реальность не оставляет им шансов: войны не щадят даже самых беззащитных. Каждый день становится борьбой за выживание, и несмотря на всю любовь и заботу, которую Сэйта старается вложить в их общую жизнь, судьба оказывается безжалостной. «Могила светлячков» — это трогательная и горькая история о любви, утрате и стойкости человеческого духа в самые тёмные времена.