В мирном и идиллическом Ретровилле, где каждый день наполнен радостью и смехом, наступает тревожное время. В то время как Джимми Нейтрон и его друзья наслаждаются весельем в луна-парке, над городом неожиданно раздаются гулкие звуки — инопланетяне начинают своё нападение! Эти загадочные существа похищают родителей всех детей, оставляя их в полном замешательстве и страхе. Сначала жизнь без строгих мам и пап кажется настоящим праздником, но вскоре осиротевшие ребята понимают, что без заботы и любви близких мир становится пустым и тоскливым.
Не желая смиряться с потерей, отважный Джимми Нейтрон, мальчик-гений с невероятным умом и смелостью, принимает решение вернуть своих родителей. Вместе со своим преданной собакой-киборгом он начинает создавать эскадру космических кораблей, готовую к межгалактическому путешествию. Джимми объединяет силы с другими детьми Ретровилля, и вместе они отправляются в захватывающее приключение, полное опасностей и удивительных открытий, чтобы спасти своих родных и вернуть мир в родной город. Их ждут незабываемые встречи с инопланетными существами и испытания, которые проверят их дружбу и смелость.