Волей судьбы, обыкновенный мальчик по имени Али неожиданно оказывается вовлечённым в мир шпионских интриг, став суперагентом МСС — секретной службы, созданной для защиты футуристического города Киберрай от внешних угроз. Али быстро осваивает навыки, необходимые для борьбы с преступностью, однако вскоре понимает, что он не единственный, кто может использовать мощный суперкомпьютер СИС, к которому теперь подключены все агенты МСС. С ростом ответственности растут и сомнения: Али начинает переживать, что его вклад в команду не так важен, как у других.
Однако в этот момент к нему подходит таинственный незнакомец, который, как оказывается, связан с его прошлым и может раскрыть секреты, способные изменить всё. Вдохновлённый новой целью, Али решает провести собственное расследование, не боясь нарушить строгие правила МСС. Его приключение наполнено неожиданными поворотами, дружбой, предательством и, конечно, захватывающими экшен-сценами, которые не оставят равнодушными зрителей. Мультфильм "Агент Али" — это история о смелости, поиске своего места в мире и важности доверия к себе и своим друзьям.