В Европе XIX века, в эпоху стремительных научных открытий и технократических преобразований, студент медицины Джон Уотсон неожиданно оказывается втянутым в мир шпионских интриг. Служба разведки замечает его выдающиеся способности и вербует в качестве секретного агента. Этот период ознаменован не только прогрессом в науке и технике, но и удивительными, порой жутковатыми экспериментами. Создание гомункулов — искусственных существ, обладающих мёртвыми телами и искусственной душой — стало обычным делом. Эти создания используются в армии и на производстве, что вызывает у общества как восхищение, так и страх.
Джон отправляется в Афганистан, где ему предстоит не только выполнять обязанности военного медика, но и раскрыть мрачные тайны, окружающие использование гомункулов. Каждый день на войне становится испытанием не только для его физической выносливости, но и для моральных принципов. В условиях жестоких сражений и интриг он сталкивается с вопросами о природе жизни и смерти, а также о том, что значит быть человеком. В этом опасном путешествии Джон надеется найти ответы и справедливость, но будет ли он готов к тем открытиям, которые ждут его впереди? Мультфильм "Империя мёртвых" погружает зрителей в мир, где наука и мораль переплетаются, создавая уникальную и тревожную атмосферу.