Кайто Даймон — десятиклассник, обладающий гениальным умом, но совершенно не интересующийся учебой. Вместо того чтобы погружаться в учебники, он предпочитает разгадывать загадки и головоломки. Его жизнь в академии «Квадратный корень» осложняется заботливой подругой детства Нонохой Ито, которая пытается направить его на путь истинный. Эта школа известна своими любителями паззлов, и именно здесь Кайто сталкивается с президентом школьного Совета, Содзи Дзикукавой, который бросает ему вызов. Содзи отправляет Кайто в смертельно опасный лабиринт, и, преодолев его с помощью Нонохи, Кайто получает «контракт Орфея» — уникальное устройство, позволяющее раскрыть потенциал его мозга, известный как «фи брэйн».
Теперь Кайто становится одним из Решателей — избранных, способных противостоять зловещей мировой организации, создающей неразрешимые загадки. Под псевдонимом Эйнштейн и в компании верной Нонохи он начинает борьбу в мире, где авторитеты не имеют значения, а место в иерархии Решателей нужно завоевывать, решая все новые головоломки. На пути к разгадке таинственной «мистерии Бога» ему предстоит столкнуться с множеством испытаний и разгадок, а истинные намерения директора школы и закулисных сил остаются загадкой, которую Кайто должен разгадать, чтобы понять, зачем ему все это нужно.