Два года прошло с тех пор, как отважная команда супербойцов, возглавляемая Клаудом Страйфом, остановила ужасного злодея Сефирота и спасла мир от неминуемой катастрофы. Время исцелило раны, и на планете воцарился долгожданный мир. Клауд, уставший от бесконечных сражений, нашел убежище в сиротском приюте, где, окруженный детьми, пытался забыть о мрачных событиях своего прошлого. Однако, как бы он ни старался, покой продолжал ускользать от него.
Скоро мир снова оказался под угрозой: среди жителей начали распространяться загадочные болезни, вызывающие страх и панические настроения. В это время в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Кададж, чье присутствие вызывает тревогу. Его намерения явно не добрые, и вскоре становится очевидно, что его планы каким-то образом связаны с беззащитными сиротами, которых Клауд так старательно пытается защитить. Теперь, когда тень прошлого снова нависла над ним, Клауд вынужден вернуться к борьбе, чтобы защитить тех, кто нуждается в его помощи, и противостоять новому злу, угрожающему миру.