В Японии разразилась новая катастрофа: по всей стране появляются Темные зоны, поглощающие все живое на своем пути. Эти загадочные пространства не только лишают жизни, но и становятся домом для ужасных монстров, в которых кристаллический металл переплетается с человеческой плотью. Обычные средства вооружения оказываются бессильны против этих созданий, и правительство обращается за помощью к мощнейшей корпорации IX, известной как «Девятка».
Корпорация разрабатывает боевых роботов, оснащенных уникальными Подавителями, способными расправляться с монстрами. Однако ситуация усугубляется: Темные зоны продолжают расширяться, и к кошмарам присоединяются Мертвецы – зловещие чуждые роботы, созданные из черного металла. В условиях нарастающей угрозы становится ясно, что необходимо провести качественную разведку и собрать всю возможную информацию о противниках.
Настало время рискнуть всем ради спасения страны. Японцы должны объединить усилия, чтобы противостоять этой угрозе, и только с помощью технологий и смелых решений они смогут одержать победу в этой бесконечной борьбе за выживание. В мультфильме «M3: Чёрный металл» зрители погружаются в мир, где надежда и страх идут рука об руку, а каждый выбор может стать решающим.