Сюжет мультфильма "Загадка истории дьявола" разворачивается в элитной частной школе для девочек, где каждая ученица десятого класса Курогуми — это наемный убийца, обученный выполнять сложнейшие задания. Их цель — устранить Хару Итиносэ, загадочную и привлекательную девушку, которая, казалось бы, ничего не подозревает о надвигающейся опасности. В этой напряженной атмосфере появляется Токаку Адзума, новенькая в классе, также являющаяся частью этой тайной миссии. Однако, столкнувшись с Хару, Токаку начинает испытывать к ней нечто большее, чем просто профессиональный интерес. Постепенно она осознает, что её чувства к жертве становятся все сильнее, и она начинает сомневаться в правильности своего задания. Внутренний конфликт между долгом и личными эмоциями приводит к напряженным ситуациям, где каждое решение может стать роковым. Мультфильм исследует темы преданности, дружбы и моральных выборов, заставляя зрителей задуматься о том, что на самом деле значит быть человеком в мире, полном насилия и предательства.