Синдзи, главный герой истории, приходит в себя после долгой комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй от мощного Ангела, поглотившего её. Однако его пробуждение оказывается полным шоков: на его шее сдерживающий ошейник, а его друзья и союзники, включая Мисато и Аску, теперь сражаются на стороне организации WILLE, выступающей против NERV. Прошло 14 лет с момента катастрофического Третьего удара, и, несмотря на время, пилоты «Евангелионов» остались вечно молодыми подростками из-за загадочного проклятия, связанного с их машинами.
Мисато, пытаясь защитить Синдзи, утверждает, что Рэй больше не существует. Однако неожиданно она оказывается не права. Рэй возвращается, прорываясь на новом боевом роботе серии «Марк», чтобы спасти Синдзи из плена WILLE. Этот неожиданный поворот событий ставит под сомнение все, что Синдзи знал о себе и своих близких. Теперь ему предстоит разобраться в сложных отношениях, осознать последствия своих действий и найти свой путь в мире, который изменился до неузнаваемости. В этом tumultuous мире ему предстоит столкнуться с прошлым, чтобы построить будущее.