После победы над последним Ангелом, организация NERV оказывается на грани новой катастрофы. Пока Гэндо Икари, глава NERV, активно готовится к осуществлению Третьего удара, на подземную штаб-квартиру нападают боевики таинственной организации Seele. Это нападение становится началом настоящего хаоса, в который вовлечены все ключевые персонажи.
Тем временем Рэй Аянами, один из центральных персонажей, сливается с Лилит, что приводит к непредсказуемым последствиям для всего человечества. Синдзи Икари, главный герой, оказывается перед сложным выбором, который определит будущее: продолжить ли существование человечества или же позволить ему исчезнуть. Этот внутренний конфликт отражает не только его личные страхи и сомнения, но и более глубокие философские вопросы о природе жизни, идентичности и смысле существования.
"Конец Евангелиона" — это не просто завершение истории, а глубокое исследование человеческой психологии, отношений и стремлений, которое заставляет зрителей задуматься о том, что значит быть человеком в мире, полном страха и неопределенности.