В последние годы XX века человечество столкнулось с ужасной реальностью: планета, которую оно считало своим домом, больше не принадлежала людям. Из глубин Земли вырвались гигантские чудовища, известные как кайдзю, которые начали разрушать города и уничтожать друг друга. Наиболее устрашающим из них стал Годзилла — мощный ящер с радиоактивным дыханием, который внушал страх даже самым смелым. В условиях катастрофы человечество приняло решение покинуть родную планету в поисках нового пристанища. Прошло 20 лет в космосе, и надежды на нахождение пригодной для жизни планеты стремительно угасали.
Харуто, оказавшийся на борту корабля переселенцев в возрасте четырех лет, стал свидетелем утраты своего дома. Взрослея, он пришел к выводу, что человечество бездействовало, когда следовало бороться за Землю. Его идеи о возвращении начинают набирать популярность среди других переселенцев. В результате, после применения технологии гиперскачка, они возвращаются на Землю, но спустя 20 000 лет. Теперь вместо знакомых городов их встречает дикая природа, населённая чудовищами, а на вершине пищевой цепочки по-прежнему восседает Годзилла, главный враг человечества, который стал символом утраченной эпохи.