В далеком прошлом человечество столкнулось с ужасной угрозой — войной с расой гигантов Зентради. После изнурительных боев и потерь, человечество оказалось на грани вымирания, и единственным путем к выживанию стало освоение космоса. С тех пор прошло много лет, и в 2059 году люди смогли исследовать множество уголков вселенной. В рамках гигантского Иммиграционного Флота, корабль Макросс Фронтир направляется к центру галактики, символизируя надежду и новые перспективы.
На борту корабля ожидается выступление популярной певицы Шерил Ном, которая собирается порадовать пассажиров своим концертом. Однако радостные планы неожиданно нарушает тревожная новость: вражеский флот Зентради начинает наступление, сметая все военные заслоны на своем пути. Ситуация становится критической, и на корабле объявляется боевая тревога. Несмотря на отчаянные попытки защитить гражданские суда, вражеские корабли стремительно приближаются, угрожая безопасности всех на борту. В этот момент человечество снова сталкивается с вызовом, который может изменить его судьбу навсегда.