Сюжет мультфильма «Макросс: Помнишь ли нашу любовь?» разворачивается вокруг молодого пилота Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. Действие происходит на фоне жестоких боевых действий между людьми и Зентради — великанами, обладающими могучим космическим флотом. Эта война приводит к полному разрушению Земли и гибели большинства её обитателей, оставляя в живых лишь экипаж звездного корабля «Макросс» и его жителей.
В условиях опустошенной планеты Хикару и Миса оказываются в заброшенном городе-крепости «Протокультуры». Здесь они сталкиваются с ужасами войны и пытаются выжить в мире, где всё разрушено. В их жизни появляется Линн Минмэй, чья музыка становится символом надежды и сопротивления. Вместе они отправляют сигнал «Макроссу», надеясь на спасение и восстановление мира.
История пронизана темой любви, дружбы и жертвы, а также исследует глубокие чувства персонажей на фоне катастрофических событий. Взаимоотношения Хикару, Мисы и Минмэй становятся центральной частью повествования, подчеркивая, как любовь может выстоять даже в самые тёмные времена. Мультфильм сочетает элементы романтики, драмы и научной фантастики, создавая уникальный мир, в котором музыка и человечность противостоят безжалостной войне.