Воздушный флот организации WILLE успешно выполняет сложную задачу в рамках парижской операции. Они сражаются с армией беспилотных роботов, активируют гигантский уплотнительный столб и восстанавливают разрушенный город, одновременно добывая боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». В это время главный герой, Синдзи, теряет всякую волю к жизни после трагической смерти Каору и своих собственных действий, которые чуть не привели к Четвёртому удару. Вместе с Рэй он следует за Аской, и вскоре они оказываются в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди стараются наладить мирную жизнь после катастрофы. Это место становится символом надежды и нового начала, несмотря на тёмные тени прошлого. Синдзи, Рэй и Аска сталкиваются с внутренними конфликтами и поиском смысла в мире, где дружба и солидарность становятся основой для построения нового будущего. Их путь полон испытаний и открытий, которые могут изменить не только их судьбы, но и судьбу всего человечества.